Σύμφωνα με διεθνείς αποκαλύψεις, το F-35 φέρει ένα ηλεκτρονικό «kill switch» — μια γραμμή εντολών που μπορεί να απενεργοποιήσει βασικά του συστήματα, ακόμη και εν πτήσει. Αυτό εγείρει σοβαρά ερωτήματα για τον απόλυτο έλεγχο των ΗΠΑ πάνω στα μαχητικά, ακόμη και αν αυτά έχουν πουληθεί σε ξένες χώρες.

Το ηλεκτρονικό σύστημα του F-35 είναι ένα δίκτυο αλληλοσυνδεδεμένων υποσυστημάτων. Στην έκδοση Block 3F, περιλαμβάνει πάνω από 8,6 εκατομμύρια γραμμές λογισμικού που ελέγχουν όχι μόνο τον κινητήρα και τα όπλα, αλλά και τα δεδομένα αισθητήρων, μέσω του Integrated Core Processor (ICP).

Η βασική διαφορά έγκειται στη χρήση ή όχι του MDF (Mission Data File). Όταν χρησιμοποιείται MDF:

  • Ο ηλεκτρονικός πόλεμος είναι αποτελεσματικός, με ακριβή ταυτοποίηση απειλών.

  • Παρέχεται συνεργασία με το AN/ASQ-239 Barracuda, το σύστημα αυτοπροστασίας του F-35.

  • Ο χειριστής έχει πλήρη εικόνα και εξειδικευμένες δυνατότητες.

Αντίθετα, χωρίς το MDF:

  • Το Barracuda έχει περιορισμένες δυνατότητες ή και δυσλειτουργεί.

  • Η αναγνώριση απειλών είναι αδύναμη, τα σήματα δυσνόητα, και η αποφυγή κινδύνου ελλιπής.

  • Το αεροσκάφος ουσιαστικά εξαρτάται από ενημερώσεις δεδομένων μέσω του ODIN, οι οποίες προέρχονται από τις ΗΠΑ.

Το ODIN (Operational Data Integrated Network) είναι ένα ακόμη επίπεδο ελέγχου, που παρέχει την ενημέρωση αποστολών. Η γραμμή κώδικα μέσω αυτής ξεπερνά τα 25 εκατομμύρια γραμμές, με το Πεντάγωνο και τη Lockheed Martin να διατηρούν δικαίωμα απενεργοποίησης αν το κρίνουν αναγκαίο.

Αυτό δημιουργεί προβληματισμό σε κράτη όπως η Γερμανία, που αναγνωρίζουν την απόλυτη εξάρτηση από την αμερικανική τεχνολογία και τη δυνατότητα να «κοπούν τα φτερά» των F-35 σε ορισμένες συνθήκες. Σύμφωνα με γερμανικά δημοσιεύματα, το Βερολίνο ζήτησε ήδη εγγυήσεις από τις ΗΠΑ για τη χρήση του συστήματος.